มหาวิทยาลัยวิชาธรรมศาสตร์และการเมืองก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 27 มิถุนายน พ.ศ. 2477 ระยะแรกเปิดสอนระดับปริญญาตรีเพียงสาขาเดียวคือ สาขานิติศาสตร์ ได้รับปริญญาธรรมศาสตร์บัณฑิต ใช้อักษรย่อว่า ธ.บ.

ในภาคที่ 5 และ 6 ของหลักสูตรธรรมศาสตร์บัณฑิต มีวิชาเศรษฐศาสตร์อยู่ 2 วิชา คือ “เศรษฐศาสตร์” และ “ลัทธิเศรษฐกิจ” ซึ่งศาสตราจารย์ ดร.เดือน บุนนาค เป็นผู้สอนวิชาเศรษฐศาสตร์เป็นท่านแรก

ต่อมา มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ได้ยกเลิกระบบการสอนแบบธรรมศาสตร์บัณฑิต และเปลี่ยนโครงสร้างคณะต่างๆ โดยได้ประกาศจัดตั้งคณะจำนวน 4 คณะ ได้แก่ คณะนิติศาสตร์ คณะรัฐศาสตร์ คณะเศรษฐศาสตร์ และคณะพาณิชยศาสตร์และการบัญชี เมื่อวันที่ 14 มิถุนายน พ.ศ. 2492

คณะเศรษฐศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เป็นคณะเศรษฐศาสตร์แห่งแรกของประเทศไทย ซึ่งมี ศาสตราจารย์ ดร.เดือน บุนนาค เป็นคนบดีคนแรก ต่อมาเมื่อเดือนตุลาคม พ.ศ. 2492 มหาวิทยาลัยจึงแต่งตั้งศาสตราจารย์ ขุนประเสริฐศุภมาตรา เป็นคณบดีคณะเศรษฐศาสตร์แทน

ปี พ.ศ. 2507 นับเป็นปีสำคัญของเศรษฐศาสตร์ และวงการเศรษฐศาสตร์ของไทย เนื่องเพราะเป็นปีที่ ศาสตราจารย์ ดร. ป๋วย อึ๊งภากรณ์ ผู้ว่าการธนาคารแห่งประเทศไทย เข้ารับตำแหน่งคณบดีคณะเศรษฐศาสตร์ เมื่ออาจารย์ ป๋วย รับตำแหน่งแล้ว ภารกิจสำคัญประการแรกคือ การสร้างอาจารย์ประจำ ท่านได้ขออัตราตำแหน่งอาจารย์ประจำเพิ่ม ติดต่อหาทุนเรียนต่อต่างประเทศให้อาจารย์รุ่นใหม่ๆ หาอาจารย์ชาวต่างประเทศมาช่วยพื้นฟูความรู้แก่อาจารย์ที่จะส่งไปเรียนต่อ และช่วยวางหลักสูตรให้ทันสมัยตามแบบอย่างมหาวิทยาลัยในอเมริกา โดยได้รับความช่วยเหลือจากมูลนิธิร็อกกี้เฟลเลอร์ ทำให้คณะเศรษฐศาสตร์มีอาจารย์ประจำเพิ่มขึ้นจาก 6 คน เป็น 59 คนในเวลาเพียง 6 ปี

ในปี พ.ศ. 2508 ได้เปิดหลักสูตรปริญญาตรีภาคค่ำ และในปี พ.ศ. 2509 มีการประกาศใช้หลักสูตรปริญญาตรีเศรษฐศาสตร์ที่ได้มาตรฐานหลักสูตรแรกของประเทศไทย ประกอบด้วย 4 สาขาวิชา ได้แก่ ทฤษฎีเศรษฐศาสตร์ สถิติเศรษฐศาสตร์ การเงินการธนาคาร และเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ และมีการสอนบางวิชาเป็นภาษาอังกฤษสำหรับนักศึกษาชั้นปีที่ 2 ที่ได้รับการคัดเลือกจากนักศึกษาปกติประมาณ 20 คนต่อรุ่น โดยที่ผู้สอน Visiting Professor จากความช่วยเหลือของมูลนิธิร็อกกี้เฟลเลอร์ และนักศึกษากลุ่มนี้จะได้เรียนเป็นภาษาอังกฤษจำนวนวิชาเพิ่มขึ้นทุกปีจนปีที่ 4 จะเรียนเป็นภาษาอังกฤษแทบทุกวิชา

ในปี พ.ศ. 2512 คณะเศรษฐศาสตร์ได้เปิดสอนหลักสูตรปริญญาโทเศรษฐศาสตร์ ภาษาอังกฤษ ซึ่งถือได้ว่า เป็นหลักสูตรนานาชาติระดับบัณฑิตศึกษาหลักสูตรแรกในประเทศไทย การเรียนการสอนเป็นภาษาอังกฤษ และเรียนเต็มเวลา โดนนักศึกษาได้รับทุนการศึกษาทุกคน

ต่อมาในปี พ.ศ. 2525 คณะเศรษฐศาสตร์ได้เปิดสอนเป็นภาษาอังกฤษโครงการปริญญาตรี สำหรับนักศึกษาภาคภาษาไทย โดยสอนวิชาหลักเศรษฐศาสตร์ จำนวน 8 วิชาเป็นภาษาอังกฤษ และในปี พ.ศ. 2536 คณะได้เปิดโครงการปริญญาตรี หลักสูตรนานาชาติ โดนสอนเป็นภาษาอังกฤษทุกวิชา และเปิดสอนหลักสูตรปริญญาโท สาขาเศรษฐศาสตร์ธุรกิจ ในปี พ.ศ. 2540 รวมทั้งยังได้เปิดสอนหลักสูตรปริญญาเอกเศรษฐศาสตร์

และในปีการศึกษา 2554 คณะเศรษฐศาสตร์ร่วมกับคณะนิติศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เปิดรับนักศึกษาเข้าศึกษาในหลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชานิติเศรษฐศาสตร์การค้าระหว่างประเทศ